Sebuah spesies alien jahat di masa depan yang disebut Formics, datang menyerang Bumi. Serangan dahsyat dari Formics tersebut, nyaris memusnahkan spesies manusia. Untungnya ada Mazer Rackham (Ben Kingsley), dari International Fleet Commander, yang bisa mengatasi para Formics.
Persiapan mengantisipasi serangan para Formics berikutnya, sebuah institusi militer internasional di bawah pimpinan Kolonel Graff (Harrison Ford), merekrut dan melatih para anak muda terbaik dunia untuk menjadi Mazer. Salah satu anak muda yang terpilih adalah Andrew " Ender" Wiggin (Asa Butterfield), seorang anak pemalu namun memiliki kemampuan menyusun strategi yang sangat memukau.
Saat pertama kali sampai ke Battle School, Ender dengan cepat dan mudah menguasi semua simulasi permainan perang yang diberikan kepadanya. Tidak heran bila ia kemudian menjadi yang terbaik di antara rekan-rekannya.
Berkat prestasinya tersebut, Ender lalu dipromosikan oleh Kolonel Graff ke tingkatan Sekolah Komando. Di sana, Ender kemudian dilatih langsung oleh sang legenda, Mazer Rackham. Mazer melatih Ender lebih jauh agar anak lelaki tersebut mampu memimpin manusia dalam perang epik melawan para Formics.