Seharusnya misi kali ini tak ada bedanya dengan misi-misi sebelumnya. USS John Paul Jones sekali lagi harus mengarungi laut lepas untuk menjalankan tugas. Yang tak masuk perhitungan para awak kapal adalah munculnya benda aneh yang menghadang jalur pelayaran kapal perang yang dikomandani oleh Admiral Shane (Liam Neeson) ini. Benda berwujud aneh itu entah muncul dari mana.
Radar kapal USS John Paul Jones tak bisa mengidentifikasi benda aneh ini dan terpaksa awak kapal harus turun dan mendekati benda ini. Tak disangka, benda aneh ini ternyata tak menyambut ramah awak kapal USS John Paul Jones. Melihat gelagat buruk yang bakal membahayakan seluruh awak kapal, Admiral Shane pun memerintahkan untuk menyerang benda aneh ini.
Di luar pengetahuan mereka, benda aneh ini ternyata adalah bagian dari rencana yang sudah dirancang oleh makhluk dari planet lain. Benda ini adalah peralatan canggih yang dipasang di tengah lautan lepas untuk jadi pembangkit tenaga untuk keperluan makhluk dari luar bumi ini. Tak butuh waktu lama sampai USS John Paul Jones terlibat pertempuran seru dengan pendatang dari luar bumi ini.